Le Centre de Données OASU (CeDONA) est une structure fédérative entre les divers laboratoires et équipes composants l’OASU. Son rôle structurant renforce, grâce au partage des technologies et des compétences, la visibilité nationale et internationale des projets portés dans les équipes. Sa structure et son organisation permettent d’assurer la cohésion des services. Son objectif est de répondre aux standards internationaux de mise à disposition des données, de procurer des services à valeur ajoutée sur ces données, de s’inscrire dans des infrastructures nationales et internationales, pour les domaines thématiques abordés dans les équipes de l’OASU. Le Centre de Données OASU permet une valorisation des données produites par la recherche de ses composantes.
Centre de Données CeDONA
Recensement des compétences au sein du CeDONA
Cet inventaire non exhaustif des compétences présentes au sein du CeDONA vise à aider les utilisateurs (porteurs de projets) à exprimer au mieux leurs besoins. Cette liste pourra également révéler un manque d’expertise nécessaire à la réalisation/livraison d’un projet soumis au présent recensement, expertise que le personnel du centre pourra éventuellement acquérir par une formation.
En plus de la gestion des données, le CeDONA est aussi un outil d’aide au développement logiciel dans les laboratoires en participant à une ou plusieurs phases du cycle de vie des logiciels : analyse, développement, qualification, intégration, déploiement.
- Développement de bases de données
- Gestion de données
- Mise en place et respect des dispositions qualité et des normes, certification
- Rédaction et mise à niveau des documentations techniques et fonctionnelles
- Développement et tests logiciels, objets et composants
- Qualification, stratégie de test et exécution, intégration, déploiement
- Réception, installation, documentation, et mise à disposition des packages
- Maintenance des développements réalisés, suivi des versions
- Assistance fonctionnelle et/ou technique aux exploitants et aux utilisateurs
- Actions de formation techniques et fonctionnelles
- Aide à la rédaction du document de recensement des besoins du CEDONA
- Aide à la rédaction d’un cahier des charges
- Conception de modèle relationnel en équipe
- Retouche de modèle existant
- Gestion de version du code : GIT (GitLab), subversion
- Base de données relationnelles : SQL, MySQL, Postgresql, Transac sql
- Développement Web :
- Client simple avec HTML 5 et CSS 3
- Serveur en python (flask, bokeh) ou PHP (Symfony 4)
- Client enrichi avec javascript (angular 5, jQuery, Bootstrap)
- Fonctionalités de cartographie sur le Web (Leaflet, OpenLayers)
- CMS avec WordPress
- BIGDATA : cypher (neo4j), Mongodb SQL, spark sql
- Languages : Python, PHP, Java, C, C++, R, fortran, perl, IDL, shells unix, visual basic
- Calcul scientifique et modélisation :
- Framework : anaconda, jupyter, root (CERN)
- Scheduler : univa grid engine, EGI grid command
- Stockage de masse (partie cliente) : irods, globus gsiftp
- Normes et interopérabilité :
- NetCDF, ODV, standards OGC
- Tests automatisés et intégration : Jenkins, SonarQube
- Supervision : Nagios, Prometheus/Grafana, ELK (Elastic Search, Logical, Kibana)
- Serveurs Linux, Shell, SSH et tunneling, serveur ftp
- Serveurs Web : apache, nginx, sécurisation avec certificats (HTTPS via letsenscrypt ou Université Bordeaux)
- Virtualisation : Proxmox, Docker, portainer, kubernetes, machines virtuelles, VirtualBox,
- Stockage distribué : CEPH
- Utilisation des IDE : phpStorm, PyCharm, atom, VisualStudioCode, sublim text, notepad++
- Documentation : atrium, wiki interne (compétences en Dokuwiki)
KIDA
KIDA est une base de données de réactions chimiques nécessaires pour étudier la chimie dans différents types de milieux astrophysiques (milieu interstellaire, enveloppes protostellaires, disques protoplanétaires, atmosphères (exo)planétaires).
La base de données contient un grand nombre de types de données pour les différents processus de physico-chimie (y compris les interactions des molécules du gaz avec les grains de poussières interstellaires). Elle est régulièrement mise à jour.
KIDA est un service d’observation ANO5 labélisé par l’INSU depuis 2013.
Contacts :Valentine Wakelam et Pierre Gratier (LAB)
BVID
Dans le cadre du Service International VLBI pour la Géodésie et l’Astrometrie (IVS), le Centre d’Analyse de Bordeaux produit des images VLBI de sources radios extragalactiques (« quasars ») appartenant au repère de référence céleste international (ICRF).
Ces images permettent d’étudier la morphologie des sources, qui est la plupart du temps non ponctuelle, ce qui limite la précision des positions astrométriques VLBI.
La qualité astrométrique des sources est qualifiée par d’autres produits calculés à partir des images VLBI comme par exemple les cartes de « corrections de structure » et les cartes de « visibilités ». Tous ces produits sont mis à la disposition de la communauté scientifique internationale grâce à la base de données BVID.
Contacts : Patrick Charlot et Arnaud Collioud (LAB)
SOMLIT Portal
L’observation à moyen et long terme de l’évolution de l’environnement est clairement reconnue comme une nécessité impérative si l’on veut comprendre, via l’étude des "séries à long terme", comment les écosystèmes terrestres ou marins réagissent à...
...la fois aux contraintes naturelles de l’environnement et aux effets anthropiques. C’est bien évidemment le cas des milieux littoraux (lagunes, baies, estuaires et l’ensemble des côtes) particulièrement vulnérables en raison de la pression croissante des activités humaines et objets de nombreux conflits d’usage.
Mise en place du Service d’Observation en Milieu Littoral (SOMLIT) en 1995, labellisé par l’INSU depuis 1996, et qui regroupe actuellement 10 Stations Marines.
Contact : Nicolas Savoye (EPOC)
MAGEST Portal
MAGEST (Mesures Automatisées Gironde ESTuaire) suit en continu la qualité physico-chimique, définie par la température, la salinité, la turbidité et l’oxygène dissous, des eaux de l'estuaire de la Gironde. En 2018, ce réseau régional est composé de 7 stations ...
...réparties de l’embouchure de la Gironde à l’aval de la Garonne, la Dordogne et de l’Isle.
Les sites littoraux du réseau MAGEST font partie du SNO DYNALIT.
Contact : Sabine Schmidt (EPOC)
BENTHOS
Benthos RESOMAR est une une base de données qui contient toutes les données de faune marine benthique (associée au sédiment) acquises dans les différentes stations et observatoires marins français (RESOMAR - CNRS INSU). Il s'agit tout d'abord de collecter et de sécuriser...
...les données biologiques présentes au sein des stations marines, et en particulier les données historiques dont certaines ont déjà été perdues et qui s'avèrent particulièrement vulnérables car encore peu numérisées. Il s'agit ensuite d'exploiter l'information contenue dans cette base de données à l'échelle nationale en créant des groupes de travail orientés autour de questions scientifiques précises.
Contacts : Antoine Grémare et Nicolas Lavesque (EPOC)
Cellule Géomatique
Le portail de données géoréférencées du LIENSs est géré actuellement par la Cellule Géomatique du LIENSs. Il permet de faciliter le porter à connaissance, le partage, la mise à disposition et la diffusion des données du laboratoire. Ce portail repose sur l’infrastructure Sextant...
...de l’IFREMER, dont le LIENSs bénéficie dans le cadre d’une concession de droit d’usage.
Ce portail permet de découvrir les données créées par le laboratoire sur le thème de l’environnement littoral (suivi morphologique du littoral, zones à risques naturels, répartition espèces…).
Contact : Cécilia PIGNON-MUSSAUD (LIENSs)
PaléoFire
La Global Charcoal Database (GCD) est une base de données qui compile les enregistrements sédimentaires des paléofeux au niveau mondial pour étudier la variabilité spatiale et temporelle des incendies au Quaternaire. La GCD contient principalement des données...
...quantitatives des résidus carbonés de feux de sédiments terrestres (lacs, tourbières) et marins.
La GCD est gérée par le Global Paleofire Working Group (GPWG).
Contact : A. L. Daniau (EPOC)
-
ACN
L'AstroChemical Newsletter est une lettre de diffusion mensuelle regroupant des résumés d'article dans le domaine de l'astrochimie (observations, modélisation, et physico-chimie expérimentale ou théorique). Contact : Pierre Gratier (LAB).
En savoir plus -
SeaDataCloud
SeaDataNet est l'infrastructure Pan-européenne pour les données multidisciplinaires océaniques et marines. Dans le cadre du projet SeaDataCloud, 4 bases de données (CYTOBASE, SOMLIT, RESOMAR PELAGOS, RESOMAR BENTHOS) seront connectées à ce portail central international. Contact Y. Del Amo (EPOC)
En savoir plus -
VAMDC
En savoir plus -
-
ODATIS
ODATIS est le point d’entrée unique pour l’accès aux données d’observation de l’océan afin de promouvoir et faciliter l’utilisation des observations réalisées dans l’océan ou à son interface avec les autres milieux. Contact S. Schmidt (EPOC)
En savoir plus -
GAIA DB
Gaia GraL est une base de données recensant les quasar multi-imagés par effet de lentille gravitationnelle connus ainsi que les candidats hautement probables récemment identifiés dans la Gaia DR2. Elle contient des informations astrométriques, photométriques et de redshift (si disponible). Pour les candidats lentilles non encore validés spectroscopiquement une information de probabilité est adjointe. Gaia GraL est en lien avec le service d’observation ANO1 et ANO4 Gaia de l’OASU. Contact : Christine Ducourant (LAB)
En savoir plus -
LANDEX
LANDEX s’intéresse à la formation et au devenir des Aérosols Organiques Secondaires (AOS), en lien avec la qualité de l’air ou avec le climat. Les AOS biogéniques, produits principalement par des processus de condensation des produits d’oxydation de composés organiques volatils émis par la végétation, représentent une fraction substantielle de l’aérosol organique global. Les forêts sont donc des contributeurs de premier ordre à la formation d’AOS. Contact : P.M. Flaud (EPOC).
En savoir plus